История:
Лютеранская община в Выборге появилась после Реформации в Швеции. Лютеранам были переданы городской кафедральный собор и церковь доминиканского монастыря (впоследствии ее использовали как церковь выборгской сельской общины). Приходы были финноязычные, и у относительно небольшой, хотя и влиятельной шведско-немецкой общины собственного места для богослужения не было. Богослужения проходили в церкви сельской общины.
30 сентября 1790 года шведско-немецкая община обратилась к правителю Выборгского наместничества Карлу фон Гинцелю с ходатайством о передаче ей здания старого кафедрального собора или строительстве новой церкви «во имя св. Екатерины» на свободном участке возле Петербургских ворот Рогатой крепости. Первоначальный проект храма был разработан губернским архитектором Иоганном Брокманом и исправлен известным мастером классицизма Юрием Матвеевичем Фельтеном.
Строительство должно было начаться 23 июня 1793 года, однако за два дня до этого страшный городской пожар уничтожил заготовленные строительные материалы. И все-таки 6 сентября того же года в основание будущего храма был заложен первый камень. Первым настоятелем церкви стал представитель известного выборгского рода Август Готтфрид Валь. Освящение церкви состоялось 29 июня 1799 года, в день памяти апостолов Петра и Павла. Поскольку строительство закончилось при императоре Павле I, освящение совершили во имя святого Павла, но к середине XIX века храм стали именовать «церковью Петра и Павла».
Церковь действовала вплоть до 1940 года, когда по результатам Зимней войны Выборг отошел к СССР. В отличие от остальных лютеранских храмов города, которые полностью сгорели, церковь свв. Петра и Павла уцелела. Весной 1941 года в ней размещался красноармейский клуб. Украшения с алтаря были сняты, в алтарной части была устроена сцена вровень с менсой. Судьба органа и колокола неизвестна.
Летом 1941 года, когда Выборг вновь стал финским, в церкви возобновились богослужения, она выполняла роль гарнизонной церкви. Восстановить поврежденные и утраченные детали интерьера община так и не успела. 18 июня 1944 года в церкви состоялось последнее богослужение, после чего оставшиеся жители города эвакуировались.
В советское время церковь предполагалось снести как не представляющую ценности, однако этого не произошло, она была передана под клуб расположенной по соседству военно-морской учебной части. В этот период некоторые внутренние помещения церкви были перепланированы, окна в апсиде были замурованы, в помещении для органных механизмов была устроена проекционная будка.
29 июня 1989 года в выборгской городской библиотеке состоялось собрание, на котором была создана евангелическо-лютеранская община в составе 16 человек. Первое время богослужения проводились в школе № 10. В 1991 году приказом министра обороны Д. Т. Язова здание церкви было передано выборгской лютеранской общине. В том же году церковь вновь была освящена во имя свв. Петра и Павла.
Первым настоятелем прихода стал пробст Аймо Кюмяляйнен. В 1993-1996 годах здание было капитально отремонтировано, в 1996 году в Эстонии был приобретен алтарь. Приход города Миккели подарил церкви 10-регистровый духовой орган финской фирмы «Кангасала» (opus 713/1963). Колокол был отлит в 2001 году на Балтийском заводе.